主要包括：对认证机构及认证活动（仅限于产品认证阶段）的监管、对获证企业及其产品的监管、对证书及标志使用情况的监督检查。
1．监管对象
监管对象是：认证机构（包括产地环境及产品质量检测机构）、获证企业及其产品。
需要注意的是：由于无公害农产品产地认定阶段由农业行政主管部门负责，是行政管理部门的行政行为，因此无公害农产品认证行政监管应重点放在认证机构的认证过程有效性和产品认证标志使用规范性上。在监管中应注意区分认证机构的认证行为和地方农业行政部门的行政行为。对于涉及多个部门职责的，要按照《农产品质量安全法》、《国务院关于加强食品等产品安全监督管理的特别规定》（国务院令第503 号）的规定加强与相关监督管理部门的协调和配合。
还需注意的是，目前我国与无公害农产品认证类似的评价、评比或行政活动较多，如一些以地方法规的形式开展无公害认定、“gb”标志等评价活动。为与这些行为相区分，一般将依据《无公害产品管理办法》开展的认证行为称为“全国统一的无公害农产品认证”。目前法律、法规并未规定只有获得“全国统一的无公害农产品认证”产品才能使用“无公害”一词作为商品名，但只有认证的产品才能使用无公害农产品认证标志。因此对于无公害农产品认证的监管执法范围应限于“全国统一的无公害农产品认证”。
2．监管要点
(1)对认证机构及认证活动（仅限于产品认证阶段）的监管
主要形式为国家认监委、省级认证监管部门组织的监督检查、县级以上认证监管部门对认证活动的现场监督,并以根据获证产品质量监督抽查不合格结果进行追溯、对认证过程及其结果的申诉/投诉进行调查处理为辅助手段。通过现场检查有关文件和记录（如：认证机构批准书、认证合同（获取清单并抽查）、认证证书、特定（可能存在问题）的认证档案（至少应包括：申请资料、检查计划、产地认定资料、认证检查报告、产品及产地环境检测报告）等）、监督现场检查
过程，重点关注以下问题：
乱收费。按《无公害农产品管理办法》规定，“从事无公害农产品的产地认定的部门和产品认证的机构不得收取费用”，现场检查中发现存在收取认证（咨询）费用行为；
增加、减少、遗漏认证基本规范、认证规则规定的程序。如：产地环境、产品未经检测或检测项目不完整；需要对产地进行现场检查却未进行检查；
认证档案不完整。如：缺少认证检查计划、检查报告等认证记录；
未对获得认证的产品进行跟踪检查。如：产品监督抽查出现不合格后，认证机构没有暂停认证证书；产地认定证书被撤销后，认证机构没有撤销认证证书；
认证机构出具虚假的认证结论，或者出具的认证结论严重失实。如：认证档案中反映获证企业、产品存在严重不符合认证要求的情形（如：使用禁用物质；产地环境质量状况不符合要求；记录不全，生产过程不具有可追溯性；未建立管理体系，或建立的管理体系未有效实施；未按照认证机构规定的时间完成整改、或提交整改措施；所提交的整改措施未满足认证要求），而予以认证通过。
(2)对获证企业及其产品的监管
主要形式为所在地县（市、区）质监部门对获证企业的日常监管（巡查）；国家认监委、省级认证监管部门组织的对获证企业及产品的专项监督检查（抽查）；市、县质监部门组织实施的产品质量定期监督检查。通过检查获证企业有关文件和记录（如：认证证书、产地认定证书、产地环境检测报告、产品检测报告、生产管理记录等）、现场检查产品标志使用情况，可能发现以下问题：
伪造、冒用、转让、买卖无公害农产品产地认定证书、产品认证证书和标志。如：未取得认证而使用认证标志；利用他人证书经复印、涂改伪造证书；
获证企业及其产品不符合认证要求。如：无公害农产品产地被污染或者产地环境达不到标准要求；无公害农产品产地使用的农业投入品不符合无公害农产品相关标准要求；产品经检测不符合无公害农产品质量标准要求；
擅自扩大标志使用范围。如：产品类别（品种）、数量与认证证书不一致；产地与认定证书不一致；
逾期使用认证标志。如：认证证书、产地认定证书有效期届满仍继续使用认证标志。
（3）对证书及标志使用情况的监管
主要形式为各级认证监管部门组织实施的专项监督检查。通过在流通领域对证书及标志使用情况的检查，可能发现以下问题：
伪造、冒用、转让、买卖无公害农产品产地认定证书、产品认证证书。如：利用他人证书经复印、涂改伪造证书；
伪造、变造、盗用、冒用、买卖和转让无公害农产品标志。如：未取得认证的产品使用非法印制的认证标志、或使用其他获证企业已获证产品的认证标志；获证企业将其认证标志转卖给其他未获证企业使用；
擅自扩大标志使用范围、逾期使用认证标志（同上条）。
除国家认监委的“中国食品农产品认证信息系统”对无公害农产品认证数据进行定期更新外，目前无公害农产品标志还采用传统静态防伪技术和防伪数码查询功能。如刮开标识的表面涂层或在标识的揭露层可以看到16 位防伪数码，通过输入此防伪数码查询。有两种方式可进行查询：一是通过短信，输入防伪数码发送到1066958878；
二是登录认证机构网站（）防伪查询栏目，输入防伪数码进行查询。
在行政监管中发现的违法违规行为及其法律责任见第四章。
