马铃薯贮藏期间引起块茎损耗的因素主要有块茎本身的生理因素，如呼吸、蒸发、发芽等；另一方面是病虫害引起的损耗。
（1）块茎的呼吸损耗块茎通过皮孔吸收贮藏库中的氧气进行呼吸，转化块茎中的碳水化合物，放出二氧化碳，并释放热量。影响呼吸强度的主要因素是温度，温度增高，则呼吸增强，块茎损耗增加；影响呼吸强度的还有块茎的成熟度、损伤等因素，受损伤、未成熟的块茎，以及发芽的块茎都有较强的呼吸作用。由于块茎的呼吸损耗，可减少重量6.5％～ll％。
（2）蒸发损耗马铃薯块茎中的水分含量约为80％～85％，贮藏期间的损耗，除碳水化合物通过块茎的呼吸作用损耗外，主要的重量损失是块茎内的水分。块茎受伤会引起大量失水，贮藏库中的湿度低于85％，也会加速块茎中水分的蒸发。一般情况下，贮藏的第一个月块茎失水量约为鲜重的1.5％，以后为 0.5％～l％。
（3）发芽损失贮藏的块茎达3个月以上，则休眠期结束，如贮藏温度高于5℃，则会发芽。随着贮藏温度、湿度的增加，幼芽生长速度加快，呼吸增强，块茎中的碳水化合物大量转化成能量而消耗。发芽的马铃薯一昼夜内重量要损失0.05％～
0.07％，严重时块茎大量失水而皱缩，重量损失是巨大的。如要抑制发芽，一是将贮藏温度控制在2～4℃；或利用抑芽剂；光照能减慢芽的生长，甚至抑制芽的伸长，利用散射光贮藏种薯是一种有效的方法。
（4）病虫害引起的损失块茎贮藏期间由于病虫害引起的大量烂薯是最大的损耗。贮藏期间湿度较大时，引起块茎软腐的主要病原有青枯病、环腐病、晚疫病和黑胫病等。湿度较小时，引起干腐的病原有镰刀菌于腐病、粉痂病等。为减少病害导致的烂薯，应创造良好的通风条件，保持块茎的薯皮干爽；以及3～ 4℃的低温条件，可降低病害的发生与扩展蔓延。 贮藏期间的主要虫害是引起块茎严重损害的马铃薯块茎蛾，低于l0℃贮藏，块茎蛾活动困难，减少危害和损失。 