pcr反应中的主要成份引物、4种三磷酸脱氧核苷酸(dntp)、mg2 、模板、taq dna聚合酶、反应缓冲液五部分组成。各个组份都能影响 pcr 结果的好坏，下面详细分析：
1. 引物
pcr反应产物的特异性由一对上下游引物所决定。引物的好坏往往是pcr成败的关键。引物设计和选择目的dna序列区域时可遵循下列原则：
（1） 引物长度约为16-30 bp， 太短会降低退火温度影响引物与模板配对，从而使非特异性增高。太长则比较浪费，且难以合成。
（2）引物中g c含量通常为40%-60%，可按下式粗略估计引物的解链温度 tm＝4(g c) 2(a t)。
（3）四种碱基应随机分布，在3'端不存在连续3个g或c，因这样易导致错误引发。
（4）引物3'端最好与目的序列阅读框架中密码子第一或第二位核苷酸对应， 以减少由于密码子摆动产生的不配对。
（5）在引物内， 尤其在3'端应不存在二级结构。
（6）两引物之间尤其在3'端不能互补， 以防出现引物二聚体， 减少产量。两引物间最好不存在4个连续碱基的同源性或互补性。
（7）引物5'端对扩增特异性影响不大， 可在引物设计时加上限制酶位点、核糖 体结合位点、起始密码子、缺失或插入突变位点以及标记生物素、荧光素等。通常应在5'端限制酶位点外再加1-2个保护碱基。
（8）引物不与模板结合位点以外的序列互补。所扩增产物本身无稳定的二级结构， 以免产生非特异性扩增，影响产量。
（9）简并引物应选用简并程度低的密码子， 例如选用只有一种密码子的met， 3'端应不存在简并性。否则可能由于产量低而看不见扩增产物。
（10）一般pcr反应中的引物终浓度为0.2-1.0 μmol/l。引物过多会产生错误引导或产生引物二聚体， 过低则降低产量。利用紫外分光光度计， 可精确计算引物浓度， 在1cm光程比色杯中，260nm下，引物浓度可按下式计算：
x mol/l＝ od260/ a(16000) c(70000) g(12000) t(9600)
x： 引物摩尔浓度，a、c、g、t：引物中4种不同碱基个数。
2. 4种三磷酸脱氧核苷酸(dntp)
（1）dntp应用naoh 将ph调至7.0，并用分光光度计测定其准确浓度。
（2）dntp原液可配成5-10 mmol/l并分装，-20℃贮存。一般反应中每种dntp的终浓度为20-200 μmol/l。
（3）理论上4 种 dntp各20 μmol/l，足以在100 μl反应中合成2.6 μg的dna。当dntp终浓度大于50 mmol/l时可抑制taq dna聚合酶的活性。4种dntp的浓度应该相等，以减少合成中由于某种dntp的不足出现的错误掺入。
3. mg2
（1）mg2 浓度对taq dna聚合酶影响很大，它可影响酶的活性和真实性，影响引物退火和解链温度， 影响产物的特异性以及引物二聚体的形成等。
（2）通常mg2 浓度范围为0.5-2 mmol/l.对于一种新的pcr反应，可以用0.1-5 mmol/l的递增浓度的mg2 进行预备实验，选出最适的mg2 浓度。
（3）在pcr反应混合物中， 应尽量减少有高浓度的带负电荷的基团， 例如磷酸基团或edta等可能影响mg2 离子浓度的物质，以保证最适mg2 浓度。
4. 模板
（1）pcr反应必须以dna为模板进行扩增， 模板dna可以是单链分子，也可以是双链分子，可以是线状分子，也可以是环状分子(线状分子比环状分子的扩增效果稍好)。
（2）就模板dna而言，影响pcr的主要因素是模板的数量和纯度.一般反应中的模板数量为102 -105 个拷贝，对于单拷贝基因，这需要0.1μg的人基因组dna，10ng的酵母dna，1ng的大肠杆菌dna。扩增多拷贝序列时，用量更少。
（3）灵敏的pcr可从一个细胞，一根头发，一个孢子或一个精子提取的dna中分析目的序列。
（4）模板量过多则可能增加非特异性产物。dna中的杂质也会影响pcr的效率。
5. taq dna聚合酶
一般taq dna聚合酶活性半衰期为92.5℃ 130 min，95℃ 40 min， 97℃ 5 min。现在人们又发现许多新的耐热的dna聚合酶，这些酶的活性在高温下活性可维持更长时间。
taq dna聚合酶的酶活性单位定义为74℃下，30 min，掺入10 nmol/l dntp到核酸中所需的酶量。taq dna聚合酶的一个致命弱点是它的出错率，一般pcr中出错率为2×10-4 核苷酸/每轮循环，在利用pcr克隆和进行序列分析时尤应注意.在100 μl pcr反应中，1.5-2单位的taq dna聚合酶就足以进行30轮循环。
所用的酶量可根据dna、引物及其它因素的变化进行适当的增减.酶量过多会使产物非特异性增加，过少则使产量降低。
反应结束后，如果需要利用这些产物进行下一步实验，需要预先灭活taq dna聚合酶， 灭活taq dna聚合酶的方法有：
（1）pcr产物经酚:氯仿抽提，乙醇沉淀。
（2）加入10 mmol/l的edta螯合mg2 。
（3） 99-100℃加热10 min。目前已有直接纯化pcr产物的kit可用。
6. 反应缓冲液
（1）反应缓冲液一般含10-50 mmol/l tris·cl (20℃下ph8.3-8.8)， 50 mmol/l kcl和适当浓度的mg2 。tris·cl在20℃时ph为8.3-8.8，但在实际pcr反应中，ph为6.8-7.8。50 mmol/l的kcl有利于引物的退火。
（2）反应液可加入5mmol/l的二硫苏糖醇(ddt)或100 μg/ml的牛血清白蛋白(bsa)，它们可稳定酶活性，另外加入t4噬菌体的基因32蛋白则对扩增较长的dna片段有利。
（3）各种taq dna聚合酶商品都有自己特定的一些缓冲液。
